Башкаруу системасы жаңы каратылган жерлерге Россиянын саясий башкаруу системасы киргизилген. Падыша өкмөтүнүн башкаруу системасы Түндүк Кыргызстандын каратылышы менен, башкача айтканда 19-кылымдын 60-жылдары эле киргизиле баштаган. Россия дөөлөтүн тааныган кыргыз уруулары Батыш Сибирь генерал-губернаторлугуна караштуу Семей облусунун Алатоо округуна киришкен. 1865-жылы февралда Арал денизинен Ысык-көлгө чейинки зор аймакты камтыган Түркстан облусу түзүлгөн. Ага Ысык-көл, Чүй, Талас, Кетментөбө өрөөндөрү, кийинчерээк Борбордук Теңиртоо карап калган. Түркстан облусунун алгачкы аскер губернаторлугуна генерал М. Г. Черняев дайындалып, ал аскердик жана жарандык бийлик жүргүзгөн. 1867-жылы облус Түркстан генерал-губернаторлугуна айланат да, анын чегинде Сырдарыя (борбору - Ташкен) Жетисуу (борбору - Верный) облустары түзүлөт. Жетисуу (Семиреченск) облусунун аскер губернатору болуп Г. А. Колпаковский дайындалган. Облустар уезддерге, уезддер болуштуктарга бөлүнүп, аларга айылдар караган.
Болуштуктар эки-үч миң түтүндөн, айылдар 100-200 түтүндөн турган. Болуштуктардын башкаруучулары - болуштар болуштуктун съездинде, ал эми айыл башчылары - старчындар айылдык чогулушта шайланышкан. Кокон хандыгы жоюлган соң анын аймагында Түркстан генерал-губернаторлугуна караштуу Фергана облусу түзүлүп, анын башына генерал М. Д. Скобелев дайындалган. 1886-жылдан «Түркстан чөлкөмүн башкаруу жөнүндө Жобо» күчүнө кирет да, Түркстан генерал-губернаторлугу Түркстан крайы аталып, анын карамагына Самаркан, Сырдарыя, Фергана облустары кирген. Жетисуу облусу болсо 1882-1899-жылдары Степной генерал-губернаторлугуна, 1899-жылдан кайрадан Түркстан крайына караган.
Кыргызстандын калкы 73 болуштукка бөлүнүп, аларды 3 жылдык мөөнөткө шайланган болуштар менен старчындар башкарган. Кыргызстанда башкаруу жарым-жартылай аскердик мүнөздө болгон. Облустарды аскер губернаторлору башкарып, анын карамагында буйрук берүү, чарбалык жана сот бөлүмдөрүнөн турган облустук башкарма болгон. Уезддердин башында уезддик начальниктер турган. Алардын көзөмөлү менен жергиликтүү манаптар, байлар болуштукка же старчындыкка шайланган. Кийинчерээк аскер губернатору кааласа шайлоо өткөрбөй эле болуш, старчындарды дайындоо укугуна ээ болгон.
Болуштар падышалык чиновниктердин буйруктарынын аткарылышына, алык-салыктардын өз убагында жыйналышына көзөмөлдүк кылган. Старчындар болсо болуштарга баш ийип, алардын көрсөтмөлөрүн аткарган. Жергиликтүү бийликти жүргүзүүгө булардан тышкары айыл аксакалдары, бийлер жана казылар катышышкан. Башкарууда шайлоо тартибинин киргизилиши менен бай-манаптык бийликтин укумдан-тукумга мурас катары өтүшү токтотулган. Башкарууда Россиялык мыйзамдарга ылайык жогорку жана жергиликтүү бийликтеги баш аламандыкка, өзүм билемдикке чек коюла баштаган.
Падыша өкмөтүнүн жер саясаты Падыша өкмөтүнүн оторчул (колониялык) саясаты Кыргызстандагы жер маселесин чечүүдөгү аракетинен өзгөчө байкалган. Россиянын Борбордук Азияга, анын ичинде Кыргызстанга көз артышынын негизги себептеринин бири, Россиянын борбордук бөлүктөрүнө жерсиз калган дыйкандарды бул жакка көчүрүү болгон. Кыргызстан Россияга каратылгандан тартып эле бул жакка келгин дыйкандар көчүп келе баштаган. Жаңы келген дыйкандарды жайгаштыруу боюнча атайын башкармалыктар тузулуп, изилдөө иштери жүргүзүлгөн. Падыша бийлиги ооп келген орус, украиндерге дыйканчылыкка өтө ыңгайлуу, өзөн-суусу мол өрөөндөрдү, ойдуңдарды, негизги жолго жакын жерлерди жергиликтүү калктан тартып бере баштаган. Келгин дыйкандарга жер кесип берүүдө кыргыздардын кызыкчылыктары такыр эске алынган эмес.
Алсак, 1868-1883-жылдары Жетисуу облусунда уюшулган 36 орус-украин кыштактарындагы 2,5 миң түтүн негизинен Чүйдө, Ысык-көлдүн айланасына жайгашкан. Падыша өкмөтү бул аймакта өз бийлигин келечекте бекем колдой турган дыйкандардын бай катмарларын көбөйтүүгө аракеттенген. Ушул максатта, адегенде ар бир дыйканга 30 десятинадан (1 десятина - 1,2 га) жер бөлүп берип, аларды 15 жылдык мөөнөткө салыктан жана аскер кызматынан куткарган жана аларга акчалай жардам берилген. 1890-жылдары орус дыйкандарынын көчүп келүүсү өзгөчө күчөп кеткен. Буга ошол жылдардагы Борбордук Россиядагы ачарчылык да түрткү болгон. 1896-жылы Пишпек жана Пржевальск уезддеринде эле 26 орус кыштагы пайда болуп, 80-жылдарга салыштырмалуу келгиндердин саны эки эсеге көбөйгөн. 19-кылымдын аягында орус дыйкандары Түштүк Кыргызстана да келе баштаган. Бул жакта алгачкы орус кыштактары 1893-жылы Покровка жана Ош уезддеринде негизделген. Кыргыздардын жерин тартып алуу айрыкча Столыпиндин агрардык реформасынан кийин өзгөчө күч алган.
Жергиликтүү калктан тартылып алынган жерлерди мыйзамдаштыруу үчүн падыша өкмөтү 1891-жылы атайын «Талаа жобосун» - иштеп чыккан. Ал боюнча кыргыздар көчүп-конуп жүргөн жерлердин баары мамлекеттик делип эсептелген. Бул «жобо» боюнча кыргыздардын айдоо жерлери, ал тургай жайыттары да каалаган учурда тартылып алынмак. Мындан жалпы эл, дыйканчылык менен кесип кылган карапайым калк өзгөчө жапа чеккен. Кыргыз дыйкандарынын эптеп күн көргөн айдоо жерлери анча-мынча там-ташы, кыштоолору, короо жайлары менен кошо тартылып алынып, өздөрү айдоого жараксыз жерлерге сүрүлгөн.
Кыргызстан Россияга каратылгандан кийин деле экономиканын негизин мал чарбачылыгы түзгөн. Алсак, Пишпек уездинин жергиликтүү калкынын 84,9 пайызы, Каракол уездинин 80,7 пайызы көчмөн мал чарбачылыгы менен кесиптенишкен. Ал эми Кыргызстандын түштүгүндө мындай көрсөткүч бир аз төмөнүрөөк болгон. Мисалы, Ош жана Кокон уезддеринде кыргыздардын 65 пайызын негизги кесиби көчмөн жана жарым көчмөн мал чарбачылык болгон. Падышачылыктын оторчул (колониялык) саясаты Кыргызстанды акырындап Борбордук Россиянын өнөр-жай товарларын сатып өткөрүү рыногуна жана анын өнөр-жайы үчүн арзан чийки зат (сырье) берүүчү булагына айландыра баштаган. Кыргыздардын мал чарбачылыгы да соода мамилелерине тартыла баштаган. Мисалы, 1906-жылы Пишпек жана Пржевальск уезддеринде сатылган бардык малдын 91,6 пайызы кыргыздардын чарбасына тиешелүү болгон.
Бул эки уезд боюнча жалпы алганда малдын товардык бөлүгү 54 пайызды түзгөн. Эгерде 19-кылымдын экинчи жарымында Кыргызстандын түндүгүндөгү товардык рыноктордо тирүү малды сатуу негизги орунда турса, 20-кылымдын башында сатууга тери, жүн көп түшө баштаган. 19-кылымдын аягы — 20-кылымдын башында кыргыздардын мал чарбасында жылкынын саны мурдагыдай басымдуулук кылбастан, биринчи орунга кой жана эчки чыккан. Булардан кийин жылкы, уй, тоо, топоз жана башка турган. 1916-жылдын башында Кыргызстанда 519 миң ири мүйүздүү мал, 2,5 млн кой-эчки, 708 миң жылкы жана 27 миң чочко болгон. Бул малдын көбү феодалдарга тиешелүү болгон. Алсак, Пишпек жана Пржевальск уезддеринде 1913-жылы кедейлерге малдын 11 пайызы, орто чарбаларга — 55,5 пайызы, ал эми бай-манаптарга — 33,5 пайызы туура келген. Келгин дыйкандар менен байланышуунун натыйжасында малды короолордо багуу, алар үчүн тоют даярдоо, ветеринариялык жол менен дарылоо, малдын тукумун жакшыртуу иштери жүргүзүлө баштаган. 1913-жылы Кыргызстанда 8 ветеринариялык участок иштеп, 6 фельдшер жана 6 санитар эмгектенген.
Падышачылыктын салык саясаты Кыргыздар орус мамлекетине каратылгандан кийин адегенде Кокон хандыгына төлөгөн салыктар сыяктуу салыктарды төлөп турган. Кийинчерээк жергиликтүү шарттарга жараша кайрадан иштелип чыккан салык алуу боюнча көчмөн мал чарбачылыгы менен кесип кылган кыргыздар түтүн башына 2 сом 75 тыйындан салык толоого милдеттендирилген. Жер мамлекеттики деп эсептелгендиктен, жайылган койдун туягынан 3 тыйын, жылкыдан — 30, топоздон — 50 тыйын салык алынган. 1882-жылы салыктын колому өсүп отуруп, дүйнөлүк биринчи согуштун учурунда 15 сомго чейин көбөйгөн. Отурукташкан калк салыктын эки түрүн — хараж (эгин аянттарынан), танаптык (бак-дарак, мөмө-жемиш тигилген, жашылча өстүрүлгөн жерлерден) салык төлөшкөн.
Хараж түшүмдүн 10 пайызына барабар болуп, накталай төлөнгөн. 1886-жылы танаптык салыка киргизилген өзгөртүүлөр боюнча танаптык салык оброк салыгы деп аталып, жердин иштетилген же иштетилбегенине карабастан айдоо аянттарынын бардыгынан салык алынган. Мындан падыша өкмөтү кыйла көп пайда таба баштаган. Аталган салыктардан тышкары, жергиликтүү бай-манаптар патриархалдык-феодалдык салтка ылайык, карапайым букарадан мал жыйгандыгы үчүн — чөп ооз, манаптарды сыйлоо үчүн — чыгым, мал жана эгин түрүндө — журтчулук, феодалдын тамак-ашы үчүн — союш, байдын жеринен мал айдап өткөндүгү үчүн — туяк пул, бай-манаптардын аш-тойлорун өткөрүш үчүн — кошумча аталган жана башка салыктын түрлөрүн чогултушкан. Жергиликтүү карапайым калктын падышачылыктын оторчул (колониалдык) саясатынан көргөн кордугу, жергиликтүү байлардын жана манаптардын эзүүсүнүн аларга кошумча болушу — эзилген элдин нааразычылыгынын өсүшүнө түрткү болгон.
Дыйканчылык Кыргызстанга көчүп келген орус, украин, уйгур, дунган жана башка элдердин дыйканчылык боюнча бай тажрыйбаларынын таасири менен кыргыздардын дыйканчылыгына айрым өзгөрүштөр кире баштайт. Кыргыздарда көбүнчө кедей-кембагалдар дыйканчылык менен күн көрүүгө өтө баштаган. Дыйканчылыкта буудай, арпа, сулу, таруу жана башка дан эгиндери, өсүмдүктөр эгилген. Кыргызстандын түштүгүндө болсо пахта, тамеки, күрүч жана жашылча-жемиштин түрлөрү өстүрүлгөн. Капиталисттик рынок мамилелеринин киргизилиши менен Кыргызстандын айрым жерлеринде кыргыз дыйкандары өз муктаждыктары үчүн гана эмес, базарга сатуу үчүн да, дан эгиндерин, жашылча-жемиштерди, мөмө дарактарды өстүрүп, бал аарыларын бага башташкан.
Бирок, соода дыйканчылыгынын бул түрлөрү, орус, украин, өзбек, дунган калктарында көбүрөөк өнүккөн. Кыргызстандын түштүгүндө пахта да товар катары өндүрүлө баштаган. Түштүк Кыргызстандагы Нойгут-Кыпчак, Найман, Багыш, Баястан, Акбуура жана Ноокат болуштуктарында атайын сатуу үчүн эгин өстүрүлгөн. 19-кылымдын экинчи жарымынан өзгөчө Фергана облусунда кыргыздар толук же жарым-жартылай отурукташкан. 1917-жылы карата Фергана облусундагы 362 миң кыргыздын, 206 миңи отурукташкан же жарым отурукташкан турмушка өтүшкөн. Кыргызстандын түндүгүндө болсо 20-кылымдын башында 70тей гана кыргыз кыштагы болгон. Орус менен украиндердин кыштактары 100дон ашык, ошондой эле 5 немис, 3 дунган кыштактары болгон. Түштүк Кыргызстандын кыргыз кыштактарында негизинен 500дөн, айрым чоң кыштактарда 1-2 миңдей адам жашаган. Ал эми Түндүк Кыргызстанда кыргыздар жашаган кыштактардагы адамдардын саны 100-200дөн ашкан эмес.
Көчүп келген дыйкандар жергиликтүү элге сугат жерлерин өздөштүрүүнү, каналдарды жана арыктарды казууну үйрөтүшүп, алардан жайытты пайдаланууну үйрөнүшкөн. Байлардын жана кулактардын чарбаларында темир соколор, тырмоолор, чалгылар жана башкалар пайда боло баштаган. 1914-жылы Кыргызстанда 434 миң га сугат жерлери болуп, анда эң эле жөнөкөй жолдор менен пахта 22 миң га, картофель менен жашылча 14 миң га жерге өстүрүлгөн.
19-кылымдын аягы — 20-кылымдын башында Кыргызстанда өнөр жайдын аз-аздан калыптанып Өнүгө баштагандыгы байкалган. Мал чарба жана дыйканчылыктын продукцияларын үй шартында иштетүү күч алып, буюмдарды өзүлөрүнүн керектөөлөрү үчүн гана даярдабастан, сатууга даярдашкан.
19-кылымдын аягында майда товардык көл өнөрчүлүк менен катар капиталисттик чакан жеке кайра иштетүүчү ишканалар пайда болгон. Аларга негизинен орус, украин, өзбек көпөстөрү ээлик кылышкан. Айрым тегирмендерге, май чыгаруучу чакан ишканаларга кыргыздар да ээ боло баштаган. 19-кылымдын 90-жылдарында Кыргызстандын түштүгүндө көмүр жана мунай кендерин изилдөө жана иштетүү жанданып, 1898-жылы Кыргызстандын тоо-кен өнөр жайынын башаты болгон Кызылкыя көмүр кени иштеген. Көмүр, мунай кендери бөлөк чөлкөмдөрдө да ачылып, аз-аздан ишке киргизилген. Бирок өндүргүч күчтөрдүн жоктугу, алардагы эмгек шарттарынын татаалдыгы, төлөнгөн акынын аздыгы бул тармакты өнүктүрүүгө мүмкүндүк берген эмес.
1913-жылы Кыргызстанда фабрика-завод тибиндеги 30дан ашык ишканалар иштеген. 30 жылдын ичинде (1883-1913) экиден, үчтөн жалданма жумушчулары бар майда ишканаларды кошкондо алардын саны 165тен 569га көбөйгөн. Бирок, Кыргызстандын өнөр жайы өтө начар өнүккөн. Өнөр жай продукциялары коомдук жалпы продукциялардын 5 пайызга жакынын түзүп, анда калктын 0,3 пайызы гана эмгектенген. Өнөр жайдын өнүгүшү колониалдык мүнөздө болуп, негизинен айыл чарба өндүрүмдөрүн кайра иштетип, чийки зат өндүрүү, пайдалуу кендерди казуу менен гана чектелген. Мурдагы Кокон хандыгынын чептеринин урандыларына жакын жерлерде негизделген аскердик-административдик борборлор кийинчерээк Токмок, Пишпек, Каракол сыяктуу шаарларга айланган. Бул шаарлар өздөрү турган чөлкөмдүн саясий, маданий, өнөр жай жана соода борборлору катары жылдан-жылга өсө берген.
Түштүк Кыргызстанда болсо Ош, Өзгөн, Жалалабат шаарлары салыштырмалуу тездик менен өнүккөн. Чүйдөгү эң ири шаар Пишпекте 19-кылымдын аягында 6,6 миң адам жашаган Калктын социалдык түзүлүшү Кыргызстан Россияга каратылгандан кийин экономидагы өзгөрүштөр Кыргызстандын калкынын социалдык түзүлүшүнө да өзгөрүүлөрдү киргизген. Коомдогу ээлеген орду, өндүрүш каражаттарына карата мамилелери боюнча калк феодалдар - байлар, манаптар жана букара - эмгекчил эл болуп эки чоң социалдык топторго бөлүнгөн. Ири байлар, манаптар оторчул бийликтин таянычы катары орус администрациясына тартылып, алар болуш, старчын, бий кызматтарына ээ болушуп, эзүүчү таптын катарына кирген. Падышачылыкка, эмгек сиңирген чон манаптарга өкмөт аскердик чиндерди, ар кандай сыйлыктарды ыйгарып турган. Экономиканын өнүгүшүнө почта, телефон, телеграф өнүгүшү да түрткү болгон. Транспорттун түрлөрүнүн көбөйүшү жол курулушунун пайда болушу Кыргызстандын бөлөк чөлкөмдөр менен карым-катнашынын жакшырышына, сооданын өсүшүнө өбөлгө болгон. Соода, 20-кылымдын башында соода алмашуу, жарманке жана такай иштөөчү болуп үч түрдө өнүккөн. Натыйжада келгин жана жергиликтүү калктын ичинен соода буржуазиясы түзүлө баштаган.
Дүйнөлүк биринчи согуштун алдында Пишпек жана Пржевальск уезддериндеги 2118 соодагердин (келип-кеткендерди кошпогондо) 36,3 пайызын кыргыздар түзгөн. Кыргызстанда өнөр жайдын өнүгүшү менен аз санда болсо дагы жумушчу табы жаралган. Алардын катарын келгин жана жергиликтүү калктын кол өнөрчүлөрүнүн жакырланган бөлүгү түзгөн. Жумушчулардын жогорку квалификациялуу бөлүгү Россиянын борбордук бөлүгүнөн келген жумушчулар эле. Ишканалар кустардык жана жарым кустардык мүнөздө болуп, 2-3 киши иштеген чакан ишканалар көп болгон, ири делип эсептелген ишканаларда 16дан 40ка чейин жумушчулар иштеген. 1913-жылы кустардык өнөр жайда 12,6 миң, ал эми фабрика-завод тибиндеги ишканаларда 1,9 миң жумушчу болгон.
1913-жылы Кыргызстандын өнөр жай иш-каналарында 2545 жалданма жумушчулар иштеген. Кийинки жылдары ири ишканаларда иштеген жумушчулардын саны кыйла көбөйгөн. Алсак, 1917-жылы Кызылкыя кенинде — 1,2 мин, Сүлүктүдө — 1070, ал эми Чүй сугат тармагында — 200 адис жумушчулар эмгектенген. Карапайым эмгекчил калктын негизин кара букара түзгөн. Алардын бирин-эки майда жандыгы, ую, аты болгон. Кедей-кембагалдар жакырлар, жалчылар, жатакчылар, малайлар, чайрыкерлер, мандикерлер сыяктуу социалдык катмарларга бөлүнүшкөн. Кыргызстандын түштүгүндө, дыйканчылык өнүккөн аймактарда жери аз же жок дыйкандар чайрыкерлик (Чайрыкер — бирөөнүн курал шайманы менен анын жеринде жумушун иштеп берип, түшүмдүн бир бөлүгүн алуучу адам) кылышкан. Алар байлардан жер, үрөн, өгүз ат жана айыл чарба шаймандарын алышып, ал үчүн күзүндө түшүмдүн көбүрөөк бөлүгүн берүүгө милдеттүү болушкан.
Мандикерлер болсо айыл чарба жумуштары кызыган маалда жалданып иштешкен. Дыйкан малчылар болсо малдуулар, орто малдуулар, аз малдуулар болуп бөлүнүп, улуттук дыйкандар табынын чордонун түзгөн. 1917-жылы дыйкан чарбалардын 65 пайызы кедей, 26 пайызы орто, ал эми 9 пайызы бай чарбалар болгон. Ошентип, падышачылыктын саясатынын натыйжасында Кыргызстанда аскердик-феодалдык, капиталисттик мамилелер калыптана баштаган. Кыргызстандын калкынын социалдык жактан жиктелиши терендеген.