16-кылымдын башында Тениртоодогу кыргыз урууларынын бирикмесинин жектекчиси. Башкарган аймактары «кыргыз улусу» деп аталып, Мухаммед Кыргыз бек (эмир) титулуна ээси болгон. 1514-ж. могол ханы Султан Саидге Кашкарды, Жаркенди ошондой эле Хотанды каратууга чон комок корсотот. Мухаммед кыргыздын кошууну Туркстан, Ташкен, Сайрам, Анжиян, Аксы ошондой эле башка жерлерге чейин жеткен. Туркстан шаарын басып алганда, озбок канзаадасы, Шейбани хандын аталаш тууганы Абдулланы туткунга тушуруп алган, бирок аны сый тартуу менен коё берген. Могол ханы Султан Сайд учун бул шылтоо болуп, ал Кыргыз улусун кайрадан басып алуу учун 1517-ж. жортуулга аттанат.
Ысыкколдун Барскон деген жеринде катуу салгылашууда Мухаммед Кыргыздын колу женилууго учурап, озу туткунга алынат. Кыргыздарды козкарандылыкта кармоону коздогон Султан Сайд Мухаммед Кыргызды 5 жыл Кашкарда турмодо кармаган. 1522-жылы бошотулуп, аны «кыргыздардын эмири» катары тааныйт. Мухаммед Кыргыз келери менен моголдорго каршы курошко тымызын даярдык коруп, 1524-жылы казак султаны Тахир менен ымала тузот. Ал Султан Саидге билинип калып, Мухаммед Кыргызды кайра туткунга тушуруп, Кашкарга жиберет. Ал 1533-жылга чейин Кашкарда турмодо отуруп, каза табат.