15-кылымда ойроттордун оз алдынча хандыгы тузулгон (теги жагынан монголдордун он канатына тиешелуу элдерди турк элдери илгертен эле калмактар, жунгарлар, ойроттор деп аташчу). Ойроттор Монголиянын батыш тарабындагы кенири аймакты ээлешкен. 16-кылымдын аяк ченинде ойроттор куч алып, (тыргоот, дэрбет, хошут, чоростордон турган) Дербен ойрот (торт ойрот) союзун тузушкон. 17-18 кылымда ойрот-калмак баскынчылары Кыргызстанга тынымсыз талоончул жортуулдарды уюштуруп турган. 17-кылымдын биринчи чейрегинде кыргыз-казактын ханы, кыргыздын саруу уруусунан чыккан Эр Эшимдин тушунда (туулган жылы белгисиз - 1628-жылы каза болгон) кыргыздар менен казактардын ынтымагы кучой, баскынчыларга каршы биргелешип курошкон. Бул мезгилде кыргыз-казактын биримдигин чындап, душманга сокку урууда кыргыз-казак ханы Эр Эшим, арка кыргыздарынын улугу Манап бий, анын уулу Жарбан баатыр, Кокум бий жана башка коп куч жумшашкан. Кыргыз-казактын биргелешкен соккусунан улам калмактар Сибирге чегинууго аргасыз болушкан. 1635-ж. ойрот-калмактардын кубаттуу мамлекети - Жунгар хандыгы тузулот.
Чачкынды ойрот уруулары Эрдене Батур хонтайжынын (1635-1653) бийлиги алдында биригип, 1643-ж. алар 50 миндей аскери менен кыргыз, казактын жерине басып киришкен. Бул согушта кыргыз, казак калкы жан аябай салгылашып, бир нече жолку оор салгылашуудан кийин кыргыз-казак ханы Жангир менен Самаркан акими Жалантош баатырдын бириккен колу жоого сокку уруп, чегинууго мажбур кылган. Кыргыз-казактардын жунгарлар менен кийинки кандуу кагылышуусу 1652-ж. болгон. Хонтайжы Галдан Бошоктунун (1670-1697) тушунда калмак феодалдары кыргыз, казак журтуна бир нече жолу кол салат. 1678-ж. ал Орто Азия менен Чыгыш Туркстанды каратып алууга аракеттенет. 1680-ж. Жаркентти каратат. 1681-83-ж. Сайрамды (азыркы Чымкент шаарына жакын) камап, бирок ала албай, Анжиянга аттанат.
Жолдо калмактар Ошту ээлешет. Анжиянды озбоктор менен кыргыздар жан аябай коргошот. Шаарды ала албагандан кийин кайра Сайрамга келип, жан аябай чабуул коё берип, акыры багындырат. Миндеген сайрамдыктар кул болушат. Кыргыз жерине коп куч жумшаганы менен калмактар оз бийлигин орното алган эмес. Кыргыз, казактар менен жунгарлардын ортосунда мамилелер Цеван Рабдандын (1697-1727-ж.), айрыкча Галдан-Церендин (1727-1745-ж.) тушунда кайрадан кескин курчуп кетет. Жунгарлар Тундук Кыргызстан аймактарын басып алышкан. Чуй, Нарын, Ысыккол, Таластагы кыргыз уруулары Фергана, Алай, Гисар тарапка кочууго аргасыз болушкан. Бирок айрым маалыматтар боюнча бул мезгилде Ысыкколдун айланасында 5 миндей тутун кыргыздар жашаганы белгилуу.
Калмак феодалдарынын баскынчылык саясатына кыргыздар коргонуу менен гана чектелбестен айрым учурда чабуулга отуп турган. 1747-жылы Акмат бий баштап барган кыргыз кошууну (10 мин) Кашкар тараптагы калмактарды талкалап, жениш менен кайтат. 1748-49-жылдары калмактар менен кыргыздардын ортосундагы согуш башталып, калмактардын женилуусу менен аяктаган. Бирок буга карабастан, Жунгар хандыгы бытыранды кыргыз, казак урууларына Караганда али кубаттуу эле, ошондуктан алар 17-кылымдын экинчи жарымынан - 18-кылымдын биринчи жарымына чейин калмактардын бийлигине моюн сунуп, оор салыктарды толоп турган. Хандыктагы ич ара чыр-чатактар, ошондой эле Орто Азия жана Чыгыш Туркстандын калкынын коз каранды эместик учун тынымсыз куроштору Жунгар мамлекетин алсыраткан. Бул мезгилде калмактарга каршы кыргыздардын курошунун башында Мааматкул, Тынай, Жанболот, Качыке, Кошой, Нышаа, Бердике, Туубий, Каработо, Эр Солтоной, Атаке баатыр жана башкалар турган. Бул курошто Таластан чыккан Эр Солтоной озгочо баатырдыкты корсотуп, анын эрдиктери «Эр Солтоной» дастанында айтылып калган.
1757-58 жылы калмактар Кытай тараптан катуу соккуга кабылышып, Жунгар хандыгы кыйрап жок болот. Бир миллионго жакын калмак калкынын 70%ы (айрым маалыматтар боюнча жарымы) ырайымсыздык менен олтурулот. Калганы Россияга, Орто Азияга качат. Хандык талкаланган сон, Цин бийлиги Чыгыш Туркстан жана Орто Азия элдерин багындырууга умтулуп, кыргыз, казак, озбектерге коркунуч туудура баштайт. Кытай аскери менен кыргыздар биринчи жолу 1758-жылы кагылышат. Цин генералы Чжао Хойдун кошууну качкан калмактарды куугунтуктоону шылтоолоп, Иле ороону аркылуу Санташ ашуусунан отуп, Ысыккол кылаасына кирип келген. Колдук уруулардын айыгышкан каршылык корсотуусунон кийин кытай аскерлери кыргыз жерин таштап Кетууго мажбур болгон. Кытай бийлиги алар менен тынчтык байланышты тузууго аракеттене баштаган.
Чыгыш Туркстанда Кытайдын бийлиги орногондон кийин андагы кыргыздардын бир болугу Кыргызстанга журт которот. Алсак, 1760-жылы минден ашуун кыргыз Кашкардан Атбашыга кочуп келген.