Саясый байланыштардын осушу Кыргызстан эгемендуулукко жетишкенден кийин эл аралык мамилелерге оз алдынча катышуу мумкунчулугуно ээ болду. 1990-жылдын биринчи жарымында Кыргыз Республикасынын тышкы саясатынын негизги милдеттери такталып, оз алдынча саясат жургузуудогу приоритеттуу багыттары аныкталган. Республика тышкы саясатында КМШнын, озгочо Борбордук Азиянын олколору менен байланышты кучотууго маани берген. Анткени буларда коомдук турмуштун бардык жактары кылымдар бою байланышта онугуп келген. Борбордук Азиянын жана Казакстандын мамлекет башчылары СССР кулаган учурдан тартып эле оз ара байланыштарды, жардамдашууну биринчи планга коюшкан. Бул багыттагы келишимдерге Кыргызстан Казакстан менен 1991-жылы 18 февралда, Озбекстан менен 14-мартта, Туркмонстан менен 16-июлда кол коюшкан. Кыргызстандын тышкы саясатында Россия Федерациясы менен мамиле озгочо орунда турат. Бул тарыхый, экономикалык, социалдык жана этностук факторлор менен байланыштуу. СССР тараган алгачкы мезгилден тартып Кыргызстан менен Россиянын ортосунда достук маанайдагы мамилелер калыптана баштаган.
Эки олконун ортосунда достук, кызматташтык жана оз ара жардамдашуу, мамлекет аралык мамилелердин негиздери жонундо келишимдер тузулгон. Экономикалык кызматташтык, соода-экономикалык байланыш жана башкалар боюнча окмот аралык келишимдер иштей баштаган. Борбор Азияда стабилдуулукту сактоо жана эл аралык терроризмге каршы курошуу учун 1996-жылы Шанхай шаарында (Кытай) Казакстан, Кытай, Кыргызстан, Россия, Тажикстандын мамлекет башчылары «Шанхай бешилтиги» тузушкон. 2001-жылы 14-15-июнда Шанхайда откон жыйында Озбекстан кабыл алынып, «Шанхай бешилтиги» - Шанхай кызматташуу уюму деп аталган. Кыргыз Республикасы тез арада эле эл аралык аренада колдоого ээ болуп, кенири таанылды. Бишкекте 1992-жылы февралда АКШнын, коп узабай эле Кытай Эл Республикасынын, Россиянын, Туркиянын, Германиянын жана башка мамлекетердин элчиликтери ачылган.
[ushka=seredina]1992-жылы 2-мартта Кыргызстан Бириккен Улуттар Уюмуна мучо болгон. 1991-1993-жылы Кыргыз Республикасынын коз каранды эместигин дуйнонун 128 мамлекети таанып, 80ден ашык мамлекет менен дипломатиялык мамилелер тузулсо, 1998-жылы Кыргызстандын коз карандысыздыгын 135 мамлекет тааныган. Дуйнонун 91 мамлекети менен дипломатиялык мамилелер тузулгон. Бишкекте 11 элчилик жана окулчулук ачылган. Чет олколордо республиканын кызыкчылыгын 17 дипломатиялык мекемелер коргойт. Кыргыз Республикасы оз алдынча мамлекет катары кадыр-барктуу бир катар эл аралык уюмдардын (БУУ, ОБСЕ, ЮНЕСКО жана башка) мучолугуно кабыл алынган. 1992-жылы августа Кыргызстандын коп кылымдык тарыхында биринчи болуп Бишкек шаарында Кыргыздардын Буткул Дуйнолук I курултайы болуп откон.
Ага дуйнонун 20 олкосундо жашаган кыргыздардын окулдору келип катышышкан. Азыркы кезде дуйнодо 3 млндон ашык кыргыздар бар, алардын жарым миллиондон ашыгы башка олколордо жашашат. Ар турдуу себептерге байланыштуу чет мамлекеттерде жашап калган боордоштордун катышуусу менен откон бул Курултай кыргыз элинин улуттук ан-сезиминин онугушундогу орчундуу окуялардан болгон. Кыргызстандын демилгеси менен 2002-жылы Эл аралык тоолор жылы белгиленип, ушул эле жылдын октябрь айында Бишкек шаарында Глобалдык тоо саммити откорулду. Анда тоолуу мамлекеттердин жана аймактардын осуп-онугушуно арналган атайын программа иштелип чыкты. Бул форумдун биздин республикада отушу, ага 50дон ашуун мамлекеттин окулдорунун катышышы, олкобуздун кадыр-баркын бир кыйла которду. 2003-жылы БУУнун (Бириккен Улуттар Уюму) чечими менен Кыргыз мамлекеттуулугунун куну белгиленди. Ушул жылдын 29-30-августунда Кыргыздардын Дуйнолук II курултайы откорулуп ага 30га жакын олкодон 150 делегат катышты. Кыргыз мамлекеттуулугу Кыргызстанда, Нью-Йорк, Париж, Москва ондуу дуйнонун ири шаарларында чон триумф менен белгиленди.
Натыйжада Дуйнолук коомчулук Кыргызстан жонундо дагы кенирирээк тушунук алды. Эл аралык терроризмдин таасири. Чегараны чындоо зарылчылыгы 20-кылымдын аягында дуйнолук алкакта эл аралык терроризм куч алып, аны менен тыгыз байланышкан экстремисттик борборлор, Борбордук Азияны, анын ичинде Кыргызстанды, ислам дининин таасири кучтуу чолкомдорун экспансиялап алуу аракетин жасашкан. Диний экстремисттердин тобу эл эн ыйык тутуп аздектеген динге жамынышып, колдоруна курал алышып 1999-жылы август айынын башында Эгемендуу Кыргыз Республикасынын туштугуно киришип, Баткен районунда оздорунун лагерлерин курган жана аларды чындоого аракет кылышкан. Терроризмге каршы курошто Кыргызстанга «Шанхай бешилтигинин» келишимдерине ылайык Озбекстан, Россия, Армения жана Казакстан аскердик-техникалык жактан комок корсотушту.
Кыргызстандык жоокерлер, ыктыярдуу аскердик топтор бандиттердин бирикмелерин талкалоодо кужурмондукту корсотушту. Кыргызстандын 55 офицерлери менен жоокерлери бул кармашта Ата Мекен учун курман болушту. Республиканын коптогон жаштары Кыргызстандын бутундугун коргоо, бандиттик топторду талкалоо учун оз ыктыяры менен аттанышкан. Республиканын туштугундогу баскынчылардан жапа чеккен элдерге, аскерлерге жардам берууго Кыргызстандын бардык эли которулуп, колунан келген жардамдарын корсотушту. Кыргызстандын туштугундогу бул окуя эгемендуу республикабызды коргоо жондомдуулугун арттыруу ишинде чон сабак болуп калды. Кыргызстандын Окмоту кетирген кемчиликтерге жеткиликтуу баа берип, тийиштуу чараларды коро баштады. Куралдуу кагылышуулар болгон чолкомдун стратегиялык жана социалдык-экономикалык маанисин эске алып мурдагы Кыргыз Республикасынын Президенти А. Акаев 1999-жылы 13-октябрда Баткен облусун тузуу жонундогу Указга кол койду.
Бул облуска Ош облусунун Баткен, Кадамжай, Лейлек райондору жана Кызылкыя шаары киргизилип, жаны облустун борбору Баткен айылы болуп белгиленди. Мындан тышкары республиканын туштугундогу мамлекеттик чегараны коргоо учун аскердик чегара болуктору негизделип, аларга чегарачы аскерлер коюлду. Натыйжада, 2000-жылы кузундо Кыргызстандын чектерине кайрадан кирип келишкен бандиттик топтор кыргыз жоокерлери тарабынан сокку жеп, чегинууго аргасыз болушту. 2001-жылы 13-14-декабрда Бишкекте эл аралык терроризмге каршы курошту кучотуу боюнча эл аралык конференция болуп, анда Бишкек Декларациясы кабыл алынган. Конференцияга 60 олкодон 280 делегат катышкан. 2002-жылдын башында Кыргызстан Эл аралык терроризмге каршы курошуу учун АКШ, Россия, Кытай, Франция жана башка мамлекеттер менен катар Эл аралык антитеррордук каолицияга кирип, алардын куралдуу кучтору Кыргызстанга убактылуу жайгаштырылды.
Эгемендуу Кыргыз Республикасынын озунун мамлекеттик чегараларын тактоо боюнча да бир катар иштерди жургузду. Натыйжада, 19-кылымдын ортосунан Кытай менен чегарада талаш болуп келген жерлердин маселеси чечилди. Тарыхка кайрылсак, 19-кылымдын ортосунда Кытай жана Россия империялары оздорунун баскынчы саясаттарынын натыйжасында, Орто Азия чолкомундогу жерлерди оз ара болуштуруп алышкан. Эки империянын чегараларын тактоо иши 1860-жылы тузулгон Пекин келишими жана 1864-жылы тузулгон Чугучак токтому менен аныкталган. Кытай менен Россиянын Кыргызстандын аймагындагы чегарасын аныктоо Петербург (1881), Кашгар (1882) жана Жаны Маргалан (1884) токтомдорунда каралган. Бул суйлошуулордун бирине да кыргыз элинин окулдору катышкан эмес. Эки империя чегараларын тактоо ишинде кыргыз элинин кызыкчылыгын эске албастан, оздорунун гана империялык кызыкчылыктарын кездешкен.
Натыйжада, Кыргызстандын жери жана эли эки державага болунуп, бир болугу Россияга, экинчиси Кытайга караштуу болуп калган. Совет бийлигинин доорунда, озгочо 1960-жылы Кытай Эл Республикасы СССРге чегара маселелери боюнча бир катар дооматтарды коюп келген. Бирок Кытай менен СССРдин ортосунда чегара маселелери озгоруусуз калган эле. Кыргызстан эгемендуулукко ээ болгондон кийин гана бул маселени чечуу учун жаны мумкунчулуктер ачылды. 1990-жылдан баштап бир катар иштер, эки тараптуу суйлошуулор жургузулуп, Орус-Кытай мамилелеринин Кыргызстан чегарасына тиешелуу документтери ото кылдаттык менен изилденди. 1996-жылы 4-июнда Кытай Эл Республикасы менен Кыргыз Республикасынын делегациялары чегара маселесин адилет, натыйжалуу чечуу жонундо документке кол коюшуп, чегараны тактоо боюнча иш баштады. Бул иште Кыргызстандын Президенти А. Акаев жана Кытай Эл Республикасынын Председатели Цзян Цзэмин чон салым кошушту. Кылдаттык менен жургузулгон иштердин натыйжасында талаш болуп келген жалпы аянты 4 мин чарчы километр жердин 70 пайызы Кыргызстандын, ал эми 30 пайызы Кытай Эл Республикасынын жери деп чечилип, эки мамлекеттин ортосунда жаны чегара сызыгы тузулду. Чегара боюнча бул келишим эки олконун мыйзам чыгаруучу органдары тарабынан ратификацияланды.
Кыргызстандын Кытай Эл Республикасы менен чегарасын тактап алышынын тарыхый мааниси чон. Бул иште эки мамлекеттин тен кызыкчылыктары эске алынып, Кыргыз-Кытай чегарасында тынчтык жана бейпил-чилик учун шарт тузулду.