13-кылымдын башында монголдордун Боржегин уруусунан чыккан Темучин буткул татарларды, найман, онгут жана башка бир нече турк урууларын озуно баш ийдирет. 1206-жылы буткул монгол феодалдарынын чон курултайында мамлекетти империя деп, озуно Чынгыз хан титулун алат. Кучтуу жана бекем тартиптуу аскер тузуп жеринин аймагын кенейтип, кошуна элдердин баарын озуно баш ийдирет. 1207-жылы Чынгыз хан Туштук Сибирь элдерин багындырууга буйрук берет. Ошол кезде озунчо ар кайсы жерде чакан ээликтерге болунуп калган бытыранды кыргыздар куч катнашын туура тушунушуп, Чынгыз ханга уйгур менен карлуктар сыяктуу эле ыктыярдуу турдо баш ийип беришет. Тениртоонун чыгыш тарабын басып алуу Чынгыз хан учун ынгайлуу болгон. 1218-жылы Жетисууда наймандардын аскерлерин Чынгыз хандын колбашчысы Жэбэ-Нойон уйгурлардын жана карлуктардын колдоосу менен оной эле талкалаган. Наймандардын каршылык корсотууго даярдыгы да жок болчу. Наймандардын ханы Кучлук Чыгыш Туркстандагы жана Жетисуудагы мусулмандарды басып алгандан кийин, аларды буддизмди же христиан динин кабыл алууга мажбурлаган.
Ошондуктан, ал ар Кучлукту корушуп, монголдорду бошотуучу катары тосуп алышкан. Наймандардын аскерлерин талкалоодо монголдордун 20 мин адамдан турган кошууну аракеттенген. Кучлук женилгенден кийин качып баратып, Памир тоосунан кармалып, башы алынган. Ошентип, Кыргызстандын калкы монголдордун ийгиликтерине комоктош болушкан. Бирок чарбасы, маданияты абдан начарлаган. 1218-ж. Же-тисуу жана Борбордук Тениртоо толугу менен монголдордун козомолу алдында калган.
1219-ж. монголдор Хорезмшах Мухамеддин булунгон кучторун оной эле багынткан. Чынгыз хан талап-тоноочулук менен басып алуу саясатын батышты карай уланта берген. Натыйжада, Туркстандын жуздогон шаарлары менен айыл-кыштактары орттолуп, кыйраган. Бир убакта гулдоп онуккон дыйканчылыгы бар Чуй, Талас ороондору, Ысыккол кылаасы кочмондордун мал чарбачылыгы менен алмашылган. Фергана, озгон, Ош жана башка айрым жерлер гана коп кыйроого учуратылган эмес. 1227-ж. Чынгыз хан олгондон кийин анын басып алган жерлери торт ушулуна болунот. Мурас болуштургондо Орто Азия менен Борбордук Азия Чынгыз хандын экинчи уулу Чагатайга жана анын урпактарына тиет.