Монгол феодалдарынын сепараттык (борбордук бийликтен болунуп, оз алдынчалыкка умтулуу) кыймылы Орто Азияда оз натыйжасын берген. 1269-жылы Талас суусунун боюнда Угедей жана Чагатай улустарынын биргелешкен курултайында Каракорумдан (Улуу хандыктын борбору) толук коз каранды эмес жаны мамлекет тузулот. Мамлекеттин башында анын негиздоочусу Угедейдин небереси Хайду хан (1269-1301) турган. Жаны олконун чегарасы Алтайдан Амударыяга чейин созулуп, Кыргызстан, Чыгыш Туркстан аймагын камтыган. Борбору Чуй ороонундо, болжол менен Тарсакент (азыркы Каражыгач кыштагы, Бишкекке жакын) шаарында болгон. Хайду мамлекеттин куч-кубаты анын экономикалык саясатына байланыштуу экенин жакшы тушунуп, калктын чарбалык турмушун жакшыртуу, ич ара жана кошну мамлекеттер менен соода-сатык, экономикалык байланыштарды жандандыруу учун бир катар маанилуу иш-чараларды жургузгон. Монголдук баскынчылар тарабынан кыйратылган шаар, кыштактарды (мис, Тарсакент жана Баласагун шаарлары) калыбына келтирууго коп куч жумшаган. Хайду Монгол империясына каршы которулушкон Енисейлик жана алтайлык кыргыздарга жардам беруу учун бир нече жолу аскерлерин жиберген. 1293-жылы Хайду кыргыздарды куткарып алмакчы болуп, Болоч башында турган кол жоноткон, бирок бул кол да Хубилайдын аскерлеринен женилип калган. Хайду хандын кыргыздардын мамлекетин сактоого кылган аракети текке кеткен.
Ошондой болсо да, Хайду Алтай жана Чыгыш Тениртоодо жашаган кыргыздарды монголдордун куугунтуктоОсунан коргоп калган. Ал кыргыздардын биртобун Тениртоого кочуруп келген. Хайду олгондон кийин (1301-ж.) Чынгызхандын урпактарынын ортосунда бийлик учун узакка созулган ич ара согуш башталган. Ал Кыргызстандын толук булунушуно алып келген. 14-кылымда Чуй, Талас ороондорундогу кыштактардан дээрлик бироо да калган эмес, дыйканчылык гулдогон жерлерди монгол феодалдары мал жайытка айландырышкан.